El t�rmino municipal de El Bonillo, en �poca medieval, ten�a infinidad de n�cleos poblacionales (como demuestran las iglesias y ermitas que hay o hab�a) distando poco entre s� (ermita de Pinilla, ermita de Sotu�lamos, iglesia g�tica en Cerro Bueno -la actual iglesia de Santa Catalina-, ermita de la Magdalena, Santa Ana, convento de Agustinos, ermita de San Roque), aunque los m�s importantes eran la aldea de Sotu�lamos, San Miguel de Susa�a y Santa Catalina (cerca de las Salinas de Pinilla). Estas, a caballo entre los siglos XII y XIII, se unieron en Cerro Bueno formando lo que hoy es El Bonillo, en el sitio donde se encontraba una peque�a iglesia de estilo g�tico.

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Se dice que la uni�n tuvo lugar porque estos tres n�cleos de poblaci�n se hallaban situados en vaguadas que, en �poca de lluvias, eran de f�cil inundaci�n, y porque en Cerro Bueno hab�a mucha caza y buenas tierras. Poco despu�s del a�o 1500 se le concede la independencia de la ciudad de Alcaraz.

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De estas tres aldeas originales se conserva:

• Soto de �lamos (hoy Sotu�lamos): la ermita y la propia aldea, que actualmente se sigue utilizando, y donde hasta hace pocos a�os hab�a un n�cleo permanente de poblaci�n, siendo pedan�a de El Bonillo.
• San Miguel de Susa�a: Data del Imperio Romano y se conserva una antigua posada actualmente conocida como Casa Redonda (el nombre hace referencia a su especial construcci�n), y vestigios de una calzada romana que iba desde la antigua Libisosa (hoy Lezuza) hasta Laminio (Alhambra). En los terrenos cercanos a la aldea los labradores hab�an encontrado recipientes de cer�mica y monedas romanas.
• Santa Catalina: Era una aldea sujeta al convento de los Templarios, de estilo rom�nico, habitado por los caballeros de la orden del Temple. Se conservan las pinturas en el artesonado, tapado por las b�vedas (entre el tejado y estas). Santa Catalina estaba cerca de las Salinas de Pinilla, que son de remot�sima antig�edad. Parece ser que los romanos las aprovechaban, y prueba de ello son los restos de un campamento romano descubierto en las inmediaciones de las lagunas llamadas de las Salinas. Las salinas pasaron a ser en 1620 propiedad real, llam�ndoselas 'El Real Saladero de Pinilla'. Cuando la desamortizaci�n de Mendizabal pasaron a ser de titularidad privada.

Ya formado el pueblo, y absorbiendo a las gentes de los alrededores, el Bonillo pertenec�a a la jurisdicci�n de Alcaraz.

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Cuando en 1475 la ciudad de Alcaraz se revela contra el Marqu�s de Villena, poni�ndose de parte de los Reyes Cat�licos, los habitantes de El Bonillo se alzaron tambi�n en armas y solicitaron la ayuda de los alcarace�os. Estos enviaron sus tropas que, engrosadas con las de El Bonillo, se pusieron en marcha para liberar al pueblo de Munera del dominio del Marqu�s.

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El 27 de noviembre de 1532 la Emperatriz Isabel le concede facultad para sentenciar sus propias causas civiles, siempre que no excediesen de los 400 maraved�es.

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La misma Emperatriz Isabel el 11 de enero de 1534 le conced�a la propiedad de la Dehesa Nueva. Posteriormente el Emperador Carlos I de Espa�a y V de Alemania le concede el t�tulo de Villa por una carta privilegio dada en Barcelona el 12 de febrero de 1538 'Haci�ndole merced a la Villa de El Bonillo de eximirla de la ciudad de Alcaraz donde era sujeta, y hacerla villa de s� y sobre s� y darle jurisdicci�n civil y criminal [...] Y os damos poder y entera facultad para que podais poner y tener, y pongais y tengais horca y picota ...'. Esta picota es el rollo-picota, hoy conocido como Rollo de San Cristobal, donde se ajusticiaba y expon�a a los reos a la verg�enza p�blica.

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El 20 de junio de 1566 Felipe II ratific� la concesi�n otorgada por Carlos I, y le ampli� la jurisdicci�n '... Se le ampl�e y acreciente de nuevo dos terceras partes de dos leguas vulgares que hay de t�rmino desde la Villa de El Bonillo hasta el moj�n de Villarrobledo que es junto a la ermita de Sotu�lamos [...] y que la misma ampliaci�n se le d� a la redonda y contorno de la dicha Villa de El Bonillo.'